Hasta el verano del 416 a.C. Melos había sido una polis próspera. Era, sí, la única isla del Egeo que Atenas no controlaba. Como recuerda Herodoto (VIII 48), sus habitantes eran de origen dorio, la misma etnia que los espartanos, y no como los atenienses, que eran de origen jonio. Quizás sería por eso que habían tratado de mantener su neutralidad en la espantosa guerra que enfrentaba a Atenas contra Esparta y sus respectivos aliados desde hacía quince años. Sin embargo, existe evidencia arqueológica de que en algún momento entre 428 y 425 los melios donaron al menos veinte minas de plata (esto es, unos 12 kilos y medio) a la causa espartana. En todo caso, situada al extremo suroccidental de las Cícladas, a unos 120 kilómetros de la costa del Peloponeso, no es de extrañar que la isla hubiese estado bajo la influencia natural de los lacedemonios.
En el 426 Atenas envió una fuerza de dos mil hombres al mando de Nicias con el objeto de someter la isla. Sin embargo, los melios no se sometieron. Al año siguiente los atenienses exigieron a Melos un tributo de quince talentos de plata (unos 390 kgs.), suficientes para pagar toda la tripulación de un trirreme por quince meses o comprar 540 toneladas métricas de trigo para alimentar a 2.160 hombres durante todo un año. Los melios, desde luego, se negaron a pagar. Finalmente, en el verano de 416, en plena tregua, Atenas envió una fuerza de unos 3.400 hombres (1.600 hoplitas, 300 arqueros y 20 arqueros montados, más 1.500 hoplitas de las poleis aliadas) en 38 barcos al mando de los generales Cleomedes y Tisias. Apenas desembarcaron, los atenienses enviaron emisarios para negociar la rendición de la isla.
Tucídides cuenta las negociaciones en la Historia de la Guerra del Peloponeso (V 84-116), en el episodio conocido como el “Diálogo de los melios”. Atenas exigía que la isla se uniera a la Liga de Delos y pagara un tributo, o de lo contrario sería destruida. Su único argumento se parece a lo que decía aquel joven Polo en el Gorgias platónico (468 e): que “los fuertes imponen su poder y a los débiles les toca soportarlo” (Tuc. V 89). Los melios argüirán que sería vergonzoso someterse sin luchar, a lo que los pragmáticos atenienses responderán que lo verdaderamente vergonzoso sería luchar sin posibilidad alguna de vencer, tan seguros estaban de sus fuerzas. En todo caso, Melos volvió a rechazar el ultimátum. Entonces los atenienses sitiaron la ciudad, sometiendo a sus habitantes a una feroz hambruna.
En invierno de ese año los melios se rindieron. Según un discurso atribuido a Andócides (Contra Alcibíades, 22), fue por recomendación de Alcibíades que los atenienses ejecutaron a todos los hombres adultos e hicieron prisioneros a todas las mujeres y los niños para después venderlos como esclavos. Despoblada la isla, establecieron allí quinientos colonos venidos directamente de Atenas. Tucídides se esforzará por explicar las razones de tamaña salvajada. Dirá que la conquista de Melos había tenido como objeto disuadir a cualquier miembro de la Liga de Delos que quisiera rebelarse contra la hegemonía ateniense. En realidad, pocos años después de la toma y destrucción de la isla, Atenas sufrió una espantosa derrota en Sicilia, lo que produjo una cadena de rebeliones y defecciones a lo largo de su imperio.
La verdad es que el poder de Atenas se basaba en su control sobre el comercio y los puertos del Egeo, que le aportaban ingentes ingresos fiscales a más de asegurarle la supremacía militar. En aquel tiempo la navegación era, fundamentalmente, de cabotaje. Un trirreme podía viajar aproximadamente ochenta kilómetros en un día, al cabo del cual necesitaba recalar para aprovisionarse y para que la tripulación pasase la noche, pues carecía de espacio suficiente, además de resguardarse en caso de mal tiempo. Ahora bien, para cruzar el Egeo viajando desde Atenas a las costas de Jonia era necesario navegar más de trescientos kilómetros. Para controlar el mar, pues, Atenas necesitaba garantizar el acceso exclusivo de su flota a todas las islas. Si Melos era neutral, más aún si proclive a Esparta, el enemigo podría usarla para abastecerse. Hoy la mayoría de los historiadores consideran que, en realidad, la isla fue víctima inocente del imperialismo ateniense.
La masacre de Melos causó profunda conmoción en toda Grecia, y claro, especialmente en Atenas, donde generó toda una crisis de conciencia. Es verdad que los atenienses no se habían mostrado crueles al comienzo de la guerra, como muestra su indulgencia cuando la defección de Potidea en el 429. Entonces perdonaron la vida de los potideanos sobrevivientes. Pronto se percataron de que tal política les mostraba débiles y alentaba las revueltas en su contra. También es cierto que la crueldad ateniense surgió como respuesta a la mostrada por los espartanos, como se ve en la masacre de Platea, también en el 429. Comoquiera, ya el orador Isócrates menciona explícitamente en su Panatenaico (63-64) la hambruna de Melos y Jenofonte en las Helénicas (II 2, 3) cuenta que, al final de la guerra, a los atenienses les preocupaba que los espartanos les fueran a tratar con la misma crueldad con que ellos habían tratado a los melios. Años después, en el 405, cuando Atenas perdió la guerra, Lisandro expulsó a los colonos atenienses, restableciendo a los sobrevivientes melios a su isla, según cuenta Plutarco en su Vida de Lisandro (14, 3). Por otra parte, la expresión “hambre melia”, que recuerda la hambruna a que fueron sometidas las víctimas del sitio, aparece en Las aves de Aristófanes (Av. 186), estrenada solo dos años después de la masacre. La expresión parece haber tenido larga fortuna, pues aparece en la Suda, la enciclopedia bizantina del siglo X.
¿Fue Melos en realidad neutral o no? Tucídides (V 86) sugiere que, aunque al comienzo de la guerra la isla consiguió ocultar sus simpatías por Esparta, esto ya no pudo ser después de la incursión de Nicias. Tal vez los melios confiaron hasta el último minuto en unos auxilios de Esparta que nunca llegaron. Poco importa ya en verdad. El asedio de Melos, uno de los primeros casos de genocidio documentados, queda como un ejemplo de realpolitik, cuando la justicia de un país sucumbe ante los intereses estratégicos de una potencia superior. También muestra cómo, hay casos, una envidiable posición geográfica puede ser también una maldición.